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Transcriptômica
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Vá Além dos Dogmas
O princípio central da biologia molecular, de Francis Crick em 1958, diz que o DNA serve como molde para a síntese de RNA, que por sua vez, orienta a produção de proteínas. Nas últimas décadas muito foi detalhado sobre os papéis cruciais do RNA mensageiro, de transferência e ribossômico no processo de síntese proteica. No entanto, também foi descoberto que o RNA não se limita apenas à construção de proteínas; ele desempenha uma variedade de funções celulares, algumas das quais tradicionalmente atribuídas ao DNA e às proteínas. Muitos pesquisadores já contam com a GenOne para compreender como o RNA pode transportar informações genéticas, agir como catalisador de reações bioquímicas e modular a produção de proteínas através de estudos de sequenciamento de RNA. Explore também como os avanços do sequenciamento de nova geração vem impulsionando a transcriptômica, contribuindo para diagnósticos, tratamentos de doenças e desenvolvimento de novos produtos.
mRNA-seq
Estudo do RNA mensageiro através do preparo de bibliotecas de captura poli-A e sequenciamento em plataforma Illumina. Útil para determinar o perfil de expressão gênica, genes diferencialmente expressos e vias funcionais envolvidas em um dado fenômeno biológico.
Plataforma: Illumina PE150
Leitura Recomendada: 20M-40M reads
Bibliotecas: simples, direcional, depleção rRNA e depleção de Globinas.
lncRNA-seq
Análise focada em RNAs longos não codificadores (lncRNAs) realizada através do sequenciamento de bibliotecas direcionais depletadas de rRNA em plataforma Illumina, onde é possível entender seu papel na regulação gênica e em processos biológicos.
Plataforma: Illumina PE150
Leitura Recomendada: 30-50M reads
smallRNA-seq
Identificação e quantificação de pequenos RNA (sRNAs), como miRNAs, siRNAs e piRNAs, via preparo de biblioteca com seleção de tamanho e sequenciamento Illumina SE50, utilizado para oferecer insights sobre regulação gênica e respostas a estímulos.
Plataforma: Illumina SE50
Leitura Recomendada: 10-20M reads
circRNA-seq
Sequenciamento para identificar e quantificar RNA circulares (circRNAs), revelando sua influência na regulação pós-transcricional e na expressão gênica. Preparamos as bibliotecas com depleção de rRNA, permitindo analisar não somente circRNAs, mas também lncRNAs, mRNAs e a rede de RNAs endógenos competitivos (ceRNA).
Plataforma: Illumina PE150
Leitura Recomendada: 50-70M reads
RNA-seq Total
Sequenciamento completo de todo o RNA presente, incluindo mRNA, lncRNA e circRNA, com bioinfrmática abrangente para uma visão global da expressão gênica e regulação transcriptômica. Abordagem via depleção de rRNA seguida de preparação de biblioteca PE150 e seleção de tamanho seguida de preparação de biblioteca SE50.
Plataforma: Illumina PE150 rRNA depleted
Leitura Recomendada: 60M reads
Plataforma: Illumina SE50
Leitura Recomendada: 10-20M reads
RNA-seq Procariótico
Análise focada em mRNA procariótico via sequenciamento de bibliotecas direcionais depletadas de rRNA em plataforma Illumina. Análise bioinformática completa do transcriptoma, incluindo expressão gênica, DEGs, estrutura do transcrito e sRNAs, através do alinhamento a um genoma de referência.
Plataforma: Illumina PE150 rRNA depleted
Leitura Recomendada: 10M reads
Parâmetros de Amostras
Ácidos Nucleicos Purificados
|
Concentração e Pureza |
Integridade |
|||
| Qubit Conc.
(ng/μL) |
Quantidade (μg) | OD260/280 |
OD260/230 |
|
|
≥100 |
≥ 0,75 | 1,7-2,5 |
0,5-2,5 |
Para plantas: RIN≥7,0;
Para animais: RIN≥7,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; |
|
Concentração e Pureza |
Integridade |
|||
| Qubit Conc.
(ng/μL) |
Quantidade (μg) | OD260/280 |
OD260/230 |
|
|
≥100 |
≥ 0,6 | 1,7-2,5 |
0,5-2,5 |
Para plantas: RIN≥7,0;
Para animais: RIN≥7,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; |
|
Concentração e Pureza |
Integridade |
|||
| Qubit Conc.
(ng/μL) |
Quantidade (μg) | OD260/280 |
OD260/230 |
|
| Eucarioto: ≥ 20 |
≥ 0,5 |
1,7-2,5 |
0,5-2,5 |
Para plantas: RIN≥6,0;
Para animais: RIN≥6,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; |
| Procarioto: ≥ 50 |
≥ 1 |
|||
|
Concentração e Pureza |
Integridade |
|||
| Qubit Conc.
(ng/μL) |
Quantidade (μg) | OD260/280 |
OD260/230 |
|
|
≥ 80 |
≥ 0,5 | 1,7-2,5 |
0,5-2,5 |
Para plantas: RIN≥6,5;
Para animais: RIN≥6,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; |
|
Concentração e Pureza |
Integridade |
|||
|
Qubit Conc. (ng/μL) |
Quantidade (μg) | OD260/280 |
OD260/230 |
|
|
≥ 80 |
≥ 0,5 | 1,7-2,5 |
0,5-2,5 |
Para plantas: RIN≥6,5;
Para animais: RIN≥6,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; |
|
Concentração e Pureza |
Integridade |
|||
|
Qubit Conc. (ng/μL) |
Quantidade (μg) | OD260/280 |
OD260/230 |
|
|
≥ 100 |
≥ 0,5 | 1,7-2,5 |
0,5-2,5 |
Para plantas: RIN≥6,5;
Para animais: RIN≥6,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; |
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Distribuição Gnômica
Alinahmento com Genoma de Referência
Expressão Gênica
Explore Genes Diferencialmente Expressos
Avaliação Estrutural
Estudo de Splicing Alternativos e Novos Transcritos
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