Quando um peptídeo é entregue com pureza de 95%, isso significa que 95% do conteúdo de peptídeo entregue é composto pelo peptídeo solicitado (o que difere do conteúdo total do peptídeo). Os outros 5% de material peptídico é usualmente composto do que é chamado de “sequências deletadas” que usualmente podem ser co-purificadas com o peptídeo desejado durante a HPLC.

As sequências deletadas são geradas durante a síntese dos peptídeos, quando devido a ineficiência da reação de acoplamento, alguns aminoácidos são omitidos das moléculas sintetizadas. A pureza é determinada por HPLC de fase reversa.

É importante entender a diferença entre conteúdo peptídico e conteúdo total de peptídeos. Os peptídeos secos e entregues na forma de pó, normalmente não possuem somente peptídeos, mas também algumas substâncias como água, solventes adsorvidos, contra-íons e sais. Devido a própria natureza dos peptídeos, dificuldade de solubilidade, haverá quase sempre outros aditivos de forma a permitir solubilidade e estabilidade.

O conteúdo total se refere a esta mistura enquanto o conteúdo peptídico refere-se à fração do seu peptídeo na mistura. O conteúdo peptídico é usualmente 50-80% da massa total de pó enviado, esse conteúdo só é obtido precisamente pela análise do conteúdo de aminoácidos ou quantidade de nitrogênio que pode ser solicitada como um serviço à parte, bem como a remoção de TFA.

Existe uma maneira de se estimar o conteúdo peptídico teórico, assumindo que o único conteúdo não peptídico presente na amostra são os contra-íons. É possível fazer isso dividindo a massa molecular do peptídeo pela soma da massa molecular com o número de contra-íons necessários para neutralizar o peptídeo. O número de contra-íons é multiplicado pela massa molecular do TFA (MW=114).

Por exemplo, um peptídeo com massa molecular de 1500, com N-Terminal livre e uma Arginina, o seu conteúdo líquido é = 1500/(1500+2×114)= 0,87 ou 87%. Na prática, os contra-íons não são os únicos contaminantes, como citado anteriormente há também algumas substâncias como água, solventes adsorvidos e sais.